L'innovation engendre la croissance économique et permet d'accroître le niveau de vie des populations. Cette proposition de Joseph Alois Schumpeter (1912) a été plutôt confortée que contestée par les faits empiriques. De nombreux travaux ont en effet montré que le lien entre innovation, croissance et niveau de vie existe. Ainsi, il existe un assez large consensus sur l'idée qu'encourager l'innovation devrait constituer l'un des objectifs prioritaires de la politique économique. Cependant, de nombreuses innovations peuvent affecter la richesse, la santé ou même la liberté de l'ensemble de la société ou de certains de ses membres. Par exemple, les semences OGM peuvent permettre d'accroître la production agricole, mais peuvent également avoir un impact négatif sur la santé humaine et l'environnement. C'est également le cas de nombreuses innovations à caractère médical, les nanotechnologies, certains logiciels, certains produits financiers, etc. Partant de l'hypothèse que l'innovation peut être génératrice d'effets négatifs, cette thèse propose un cadre théorique pour guider le décideur public dans la mise en œuvre d'une politique avisée. Dans un premier temps, nous évaluons tour à tour la performance de plusieurs instruments permettant de réglementer une innovation potentiellement nuisible. Nous examinons deux règles de responsabilité distinctes et nous caractérisons les conditions sous lesquelles chaque réponse réglementaire devrait être mise en oeuvre par les pouvoirs publics. Contrairement à des travaux antérieurs, nous montrons notamment que même si l'innovateur a une responsabilité illimitée, les autorisations peuvent être optimales. D'autre part, en cas de responsabilité limitée, nous établissons que les pénalités ne devraient jamais être privilégiées. Dans un second temps, nous déterminons la politique de brevet optimale lorsque l'innovation est à l'origine d'une externalité négative. Dans ce cas, la largeur du brevet influence non seulement la perte sèche induite par la propriété industrielle mais également la taille de l'effet externe. Nous proposons plusieurs interprétations du concept de largeur et nous caractérisons la structure optimale du brevet. Par ailleurs, nous nous penchons sur la question de savoir quelle récompense attribuer aux innovateurs et nous montrons notamment qu'une politique de brevet modulée gratifiant celles et ceux ayant mis en œuvre une stratégie de Recherche & Développement (R&D) précautionneuse d'une protection industrielle plus forte pourrait être un instrument à même de contenir l'émergence d'innovations génératrices de nuisances. Enfin, nous considérons que plusieurs entreprises sont engagées dans une course à l'innovation et nous caractérisons les conditions sous lesquelles une augmentation de la rivalité conduit ces dernières à précipiter le processus de R&D au risque d'introduire une innovation nuisible. Nous proposons plusieurs méthodes de mesure du degré de rivalité et nous montrons notamment que, dès lors qu'il existe un certain équilibre entre les coûts et les bénéfices engendrés par la précaution, la rivalité rend les entreprises plus enclines à négliger les actions préventives/correctives et à briser la séquentialité du processus de R&D.